Kenia y Somali no se odian entre sí, pero ha habido problemas entre los dos países que se derivan del colonialismo británico.
Las fronteras actuales en África fueron trazadas arbitrariamente por los colonialistas sin tener en cuenta la etnicidad. En el noreste de Kenia, la mayoría de la población es somalí. Históricamente, el Distrito de la Frontera del Norte (NFD, por sus siglas en inglés) fue parte de la región de Jubaland en el actual sur de Somalia.
El 26 de junio de 1960, cuatro días antes de conceder la independencia de la Somalia británica, el gobierno británico declaró que todas las áreas habitadas por somalíes en el este de África deberían estar unificadas en una región administrativa. Sin embargo, después de la disolución de las antiguas colonias británicas en la región, Gran Bretaña otorgó la administración del Distrito de la Frontera Norte a los nacionalistas kenianos a pesar de un plebiscito informal que demuestra el abrumador deseo de la población de la región de unirse a la recién formada República de Somalia.
En vísperas de la independencia de Kenia en agosto de 1963, los funcionarios británicos se dieron cuenta tardíamente de que la nueva administración de Kenia no estaba dispuesta a renunciar a las áreas habitadas por somalíes de las que acababa de recibir la administración.
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Dirigidos por el Partido Popular Progresista de la Provincia del Norte (NPPPP, por sus siglas en inglés), los somalíes en la NFD buscaron vigorosamente la unión con sus parientes en la República de Somalia, al norte. En respuesta, el gobierno de Kenia promulgó una serie de medidas represivas diseñadas para frustrar sus esfuerzos en lo que se conoció como la Guerra Shifta.
Aunque el conflicto terminó en un alto el fuego, los somalíes en la región aún identifican y mantienen estrechos vínculos con sus parientes en Somalia. Tradicionalmente se han casado dentro de su propia comunidad y formaron una red étnica cohesiva. Entre 1970 y 1991, hubo escaramuzas menores en la frontera, pero en general los dos países estaban en paz. Incluso después de que el régimen de Siad Barre fue derrocado en 1992 y el país se rompió en combates de clanes dirigidos por caudillos, no hubo problemas entre los dos.
Luego vino el Al Shabaab. Al-Shabaab es una rama de la Unión de Tribunales Islámicos (UCI), que se dividió en varias facciones más pequeñas después de su derrota en 2006 por parte del Gobierno Federal de Transición de Somalia (TFG) y los aliados militares etíopes de TFG. El grupo se describe a sí mismo como librando a la jihad contra “enemigos del Islam”, y participa en un combate contra el Gobierno Federal de Somalia.
En 2011, la incursión de Kenia en el sur de Somalia comenzó después del secuestro de dos mujeres españolas, que trabajaban para Médicos Sin Fronteras en el campamento de refugiados de Dadaab. Los secuestros fueron llevados a cabo por militantes de Al Shabaab. El gobierno de Kenia afirmó que el despliegue de tropas había recibido la aprobación del Gobierno Federal de Transición de Somalia (TFG). El ejército de Kenia dijo que no había una fecha de salida establecida para la operación, pero el indicador del éxito de la misión sería una paralización de la capacidad de Al-Shabaab.
El actual gobierno somalí tiene un acuerdo de cooperación que mantiene a los militares de Kenia en Somalia para combatir al enemigo común.
Los dos países no están en guerra ni se odian. La relación es en realidad bastante complementaria.