Hay muchas razones por las cuales las relaciones India–Bangladesh no son lo suficientemente dulces.
(i) Inmigración ilegal de Bangladesh a la India. La frontera es porosa y los migrantes pueden cruzar ilegalmente. Los funcionarios de Bangladesh han negado la existencia de bangladesíes que viven en la India y se describe que los inmigrantes ilegales encontrados han sido traficados.
(ii) Bangladesh ha negado sistemáticamente las instalaciones de tránsito de la India a las regiones nororientales de la India sin litoral.
(iii) Actividades terroristas llevadas a cabo por equipos con sede en ambos países, como Banga Sena y Harkat-ul-Jihad-al-Islami.
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(iv) También ha habido disputas con respecto a la transferencia del Corredor Teen Bigha a Bangladesh. Parte de Bangladesh está rodeada por el estado indio de Bengala Occidental. El 26 de junio de 1992, la India arrendó tres bigha land a Bangladesh para conectar este enclave con Bangladesh continental. Hubo una disputa sobre la naturaleza indefinida del contrato de arrendamiento. La disputa se resolvió mediante un acuerdo mutuo entre India y Bangladesh en 2011.
(v) La construcción y operación de la Presa de Farakka por la India para aumentar el suministro de agua en el río Hoogly. Bangladesh insiste en que no recibe una parte justa de las aguas del Ganges durante las estaciones más secas, y se inunda durante los monzones cuando la India libera el exceso de aguas.
(vi) Los principales problemas entre Bangladesh y la India son los asesinatos continuos en la frontera de indios y bangladesíes, ayudando a inmigrantes ilegales, ayudando en la dacoidad armada, las transferencias de dinero falsas y el tráfico ilegal de drogas por parte de indios y bangladesíes.
(vii) Tanto Bangladesh como la India hacen reclamos sobre el mismo agua de mar en la Bahía de Bengala.
(viii) Hubo una pequeña falla en la relación cuando el ex primer ministro de la India, Manmohan Singh, mencionó accidentalmente que el 25% de los bangladesíes son anti-indios, durante una reunión informal de prensa.