Los problemas de arriba a abajo no son específicos de la ciencia cognitiva, pero son los mismos para todos los esfuerzos. Top-Down funciona mejor cuando tiene unidades funcionales, módulos o componentes a los que puede dirigirse su descomposición. Si no tiene idea de qué son esas hojas finales del árbol de descomposición, o incluso podría ser, entonces no tiene sentido proceder de arriba hacia abajo; no sabrá qué dividir y las partes no se verán más fáciles de resolver.
La diferencia entre ciencia cognitiva y, por ejemplo, las disciplinas de ingeniería, podría ser que estas últimas, a través de décadas y siglos de sistemas de trabajo en construcción, tengan una mejor idea y un conocimiento táctil de qué unidades funcionales están disponibles. Los ingenieros industriales han construido tantas líneas de ensamblaje que pueden descomponer su fábrica hacia estos componentes con confianza. Es bastante posible que la Ciencia Cognitiva no tenga tales unidades de base, o no sea suficiente, en el momento actual; Esa es una pregunta separada.