Las limitaciones de la TCC son las mismas que la mayoría de las otras terapias. La TCC es una muy buena terapia y funciona bien para la mayoría de los problemas en manos de terapeutas competentes que se sienten cómodos con la TCC y que creen que es eficaz. Esto es exactamente lo mismo que la mayoría de las otras psicoterapias. La TCC no es mejor ni peor que la mayoría de las otras psicoterapias.
La principal limitación de la TCC (y la mayoría de las otras psicoterapias) es que no funciona con todos los clientes. Por lo tanto, todos los terapeutas deben ser competentes en más de una modalidad de tratamiento. Si CBT no funciona con un cliente (dentro de 6 sesiones aproximadamente), el terapeuta está obligado a intentar algo diferente. Sin embargo, lo que sucede con demasiada frecuencia es que, en lugar de intentar otro enfoque, el terapeuta etiqueta al cliente como “resistente” o “demasiado severo (deprimido, ansioso, etc.) para poder utilizar la terapia”. Lo que realmente está sucediendo es que CBT no era una buena opción para el cliente y el terapeuta hizo un mal trabajo de comunicación con el cliente en un idioma que pudieran entender.